同普通機床一樣，在加工中心上加工時，零件的裝夾仍遵守6點定位原則。
在選擇定位基準時，要全面考慮各個工位加工情況，達到三個目的：
①所選基準應能保證工件的定位準確，裝卸工件方便，能迅速完成工件的定位和夾緊，夾緊可靠，且夾具結構簡單。
②所選定的基準與各加工部位的各個尺寸運算簡單，盡量減少尺寸鏈計算，避免或減少計算環(huán)節(jié)和計算誤差。
③保證各項加工精度。在具體確定零件的定位基準時，要遵循下列原則：
a)盡量選擇零件上的設計基準作為定位基準。在制定零件的加工方案時，首先要選擇最佳的精基準來進行加工中心加工。這就要求在粗加工時，考慮以怎樣的粗基準把精基準的各面加工出來，即加工中心上使用的各個定位基準應在前面普通機床或加工中心工序中加工完成，這樣容易保證各個工位加工表面相互之間的精度關系，而且，當某些表面還要靠多次裝夾或其他機床完成時，選擇與設計基準相同的基準定位，不僅可以避免因基準不重合而引起的定位誤差，保證加工精度，且可簡化程序編制。
b)當在加工中心上無法同時完成包括設計基準在內的工位加工時，應盡量使定位基準與設計基準重合。同時還要考慮用該基準定位后，一次裝夾就能夠完成全部關鍵精度部位的加工。為了避免精加工后的零件再經過多次非重要的尺寸加工，多次周轉，造成零件變形、磕碰劃傷，在考慮一次盡可能完成多的加工內容(如螺孔，自由孔，倒角，非重要表面、刀具檢查等)的同時，一般將加工中心上完成的工序安排在最后。
c)當在加工中心上既加工基準又完成各工位的加工時，其定位基準的選擇需考慮完成盡可能多的加工內容。為此，要考慮便于各個表面都被加工的定位方式，如對于箱體，最好采用一面兩銷的定位方式，以便刀具對其他表面的加工。
d)當零件的定位基準與設計基準難以重合時，應認真分析裝配圖紙，確定該零件設計基準的設計功能，通過尺寸鏈的計算，嚴格規(guī)定定位基準與設計基準間的形位公差范圍，確保加工精度。對于帶有自動測量功能的加工中心，可在工藝中安排坐標系測量檢查工步，即每個零件加工前由程序自動控制測頭檢測設計基準，CNC系統(tǒng)自動計算并修正坐標系，從而確保各加工部位與設計基準間的幾何關系。
e)工件坐標系原點即“編程零點”與零件定位基準不一定非要重合，但兩者之間必須要有確定的幾何關系。工件坐標系原點的選擇主要考慮便于編程和測量。對于各項尺寸精度要求較高的零件，確定定位基準時，應考慮坐標原點能否通過定位基準得到準確的測量，同時兼顧測量方法。